1. La Secretaría de Estado de Política Territorial es el órgano superior del Departamento al que corresponde, bajo la superior dirección de la persona titular del Ministerio, el impulso, dirección y gestión de la política del Gobierno en lo referente a la organización y actividad territorial del Estado, a la Administración General del Estado en el territorio, así como a las relaciones institucionales con las comunidades autónomas y las entidades locales. 
   Igualmente, bajo la superior dirección de la persona titular del Ministerio, le corresponde la coordinación, impulso y gestión de los asuntos de carácter internacional que se produzcan en el ámbito de la Secretaría de Estado, sin perjuicio de las funciones que correspondan al Ministerio de Asuntos Exteriores, Unión Europea y Cooperación.
2. Asimismo, corresponde a la Secretaría de Estado de Política Territorial el impulso y coordinación de la Conferencia de Presidentes, así como la Presidencia del Consejo de las Lenguas Oficiales en la Administración General del Estado.

La Secretaría General de Coordinación Territorial es el órgano directivo al que corresponde, bajo la autoridad de la persona titular de la Secretaría de Estado de Política Territorial y Función Pública, el impulso y la coordinación de las competencias atribuidas al departamento referentes a la política territorial, tanto autonómica como local, y en particular las funciones que se enumeran a continuación:

1. La coordinación de la política territorial de los diferentes departamentos ministeriales que se lleve a efecto a través de las Delegaciones del Gobierno.
2. La coordinación de la actividad de la Administración General del Estado en el territorio y la asistencia a la misma, así como la gestión de los recursos de las Delegaciones del Gobierno, en el ámbito de competencias del Ministerio de Política Territorial.
3. El impulso de las relaciones de cooperación y colaboración de la Administración General del Estado con las comunidades autónomas y ciudades de Ceuta y Melilla y con los entes locales.
4. La propuesta de actuación sobre los aspectos competenciales de las relaciones con las administraciones territoriales.
5. El seguimiento jurídico y el informe sobre los proyectos normativos, disposiciones y actos del Estado, las comunidades autónomas y las entidades locales, acerca de su adecuación al orden constitucional de distribución de competencias.
6. El régimen local y la cooperación con las entidades locales, así como los programas nacionales y europeos de aplicación en el área local.
7. La potenciación del uso de las lenguas oficiales en la Administración General del Estado.

Además, compete a la Secretaría General de Coordinación Territorial, bajo la autoridad de la persona titular de la Secretaría de Estado de Política Territorial, las siguientes funciones en el ámbito europeo e internacional de las competencias atribuidas al departamento:

1. La preparación de los asuntos y la ejecución de los acuerdos de la Conferencia para Asuntos Relacionados con la Unión Europea y el desempeño de las funciones propias de la secretaría de la Conferencia y de sus órganos de apoyo.
2. La preparación y el seguimiento de la participación de la Secretaría de Estado de Política Territorial en foros y grupos de trabajo europeos e internacionales con funciones relacionadas con la política territorial, regional y local, así como la articulación de la participación en organismos y entidades internacionales.
3. Las funciones relativas a la cooperación transfronteriza de las comunidades autónomas y las entidades locales y a la autorización a las mismas para la participación en Agrupaciones Europeas de Cooperación Territorial, así como la preparación de los informes previos a la autorización que corresponde al Consejo de Ministros en relación con dichas agrupaciones, y la elaboración del informe del artículo 11.4 de la Ley 2/2014, de 25 de marzo, de la Acción y del Servicio Exterior del Estado, sin perjuicio de las competencias de otros departamentos ministeriales.
4. La iniciación e instrucción de los procedimientos para la determinación y repercusión de las responsabilidades por incumplimiento del Derecho de la Unión Europea o de los tratados o convenios internacionales de los que España sea parte. No obstante, se exceptúan los casos de incumplimientos derivados de la gestión de fondos procedentes de la Unión Europea, de conformidad con el artículo 7.2 del Real Decreto 515/2013, de 5 de julio, por el que se regulan los criterios y el procedimiento para determinar y repercutir las responsabilidades por incumplimiento del Derecho de la Unión Europea. Asimismo le corresponde la preparación del informe anual al Consejo de Ministros previsto en la disposición adicional tercera del citado Real Decreto 515/2013, de 5 de julio.

1. La dirección, impulso y coordinación de las actuaciones relativas a la participación del Departamento en los órganos colegiados del Gobierno y en los de colaboración y apoyo al Gobierno.
2. La asistencia a la persona titular del Ministerio en el control de eficacia del Departamento.
3. La responsabilidad del asesoramiento jurídico a la persona titular del Ministerio en el desarrollo de las funciones que a ésta le corresponden y, en particular, en el ejercicio de su potestad normativa y en la producción de los actos administrativos de la competencia de aquella, así como a los demás órganos del Ministerio.
4. La elaboración del anteproyecto anual de presupuestos del Ministerio, así como el seguimiento de la ejecución presupuestaria y tramitación de sus modificaciones.
5. La gestión económica y financiera así como la planificación y seguimiento de la contratación administrativa.
6. La planificación, dirección y administración de los recursos humanos de los servicios centrales del Departamento y las relaciones con las organizaciones sindicales y entidades representativas del personal, así como la gestión de los planes de formación, acción social y de los programas de prevención de riesgos laborales.
7. La tramitación de los expedientes de compatibilidad relativos al personal del Ministerio, a los que resulte de aplicación la normativa sobre incompatibilidades del personal al servicio de las administraciones públicas. Asimismo, la tramitación de los expedientes disciplinarios del personal del Departamento.
8. La ejecución de los planes y programas de inspección de los servicios y la evaluación del funcionamiento de los órganos y unidades de los servicios centrales.
9. El ejercicio de las funciones de la Unidad de Información de Transparencia del Ministerio, según lo previsto en el artículo 21 de la Ley 19/2013, de 9 de diciembre, de transparencia, acceso a la información pública y buen gobierno, y el apoyo en la coordinación de las iniciativas de este Departamento en materia de Gobierno Abierto; así como el ejercicio de las funciones de Unidad de Gestión de Quejas y Sugerencias de los servicios centrales del Departamento, según lo previsto en el artículo 14 del Real Decreto 951/2005, de 29 de julio, por el que se establece el marco general para la mejora de la calidad en la Administración General del Estado.
10. El ejercicio de las funciones de Unidad de Igualdad del Ministerio, según lo previsto en el artículo 77 de la Ley Orgánica 3/2007, de 22 de marzo, para la igualdad efectiva de mujeres y hombres y de acuerdo con el Real Decreto 259/2019, de 12 de abril, por el que se regulan las Unidades de Igualdad de la Administración General del Estado.
11. La gestión de bienes materiales, muebles e inmuebles y su inventario, los arrendamientos, la ejecución de obras y el mantenimiento y conservación de los edificios de los servicios centrales del Ministerio.
12. La dirección y coordinación de los servicios de información administrativa y de las Oficinas de Asistencia en Materia de Registro, así como de los servicios técnicos, de seguridad, de reprografía y, en general, los de régimen interior y asuntos generales de los Servicios Centrales del Ministerio.
13. Respecto de los servicios centrales del Departamento, la planificación, dirección y coordinación de los desarrollos de los sistemas de información; la elaboración, preparación y propuesta de necesidades de los recursos tecnológicos; así como la prestación de servicios en materia de tecnologías de la información y la dirección y coordinación del portal web, sede electrónica e Intranet.
14. Elaboración, desarrollo y ejecución de los planes de digitalización del departamento, así como la implantación y seguimiento de los planes de trasformación digital de la Administración General del Estado, respecto de los servicios centrales del Departamento, en coordinación con la Secretaría General de Administración Digital del Ministerio de Asuntos Económicos y Transformación Digital.