Corresponen a la Secretaria d'Estat d'Agricultura i Alimentació les següents funcions:

1. L'exercici de les funcions atribuïdes al Departament en matèria de desenvolupament rural, innovació, digitalització i formació en el sector agroalimentari i en el mitjà rural a través de la Direcció general de Desenvolupament Rural, Innovació i Formació Agroalimentària, així com la contribució del Ministeri a la política de l'Estat en matèria de repte demogràfic.
2. La coordinació de les mesures del Departament que promoguin condicions d'igualtat i la incorporació de dones i persones joves a l'activitat agrària i alimentària, als seus òrgans de governança, a l'emprenedoria i als sectors econòmics del mitjà rural, així com aquelles altres que contribueixin a crear millors condicions de vida i ocupació per a joves i dones.
3. La determinació dels criteris que permetin establir la posició espanyola davant la Unió Europea i en els acords d'aquesta amb tercers països, així com en altres organitzacions i fòrums internacionals, en les matèries de l'àmbit del desenvolupament rural, i actuar com a interlocutora davant aquestes instàncies internacionals, sense perjudici de les competències d'altres òrgans del Ministeri i d'altres departaments ministerials.
4. La coordinació, cooperació i col·laboració amb les comunitats autònomes i les entitats més representatives en les matèries abans assenyalades, així com l'elaboració de les propostes que permetin establir la posició espanyola sobre aquests assumptes davant la Unió Europea i altres organitzacions o fòrums internacionals.

Correspon a la Secretaria General de Recursos Agraris i Seguretat Alimentària:

1. L'exercici de les funcions atribuïdes al Ministeri en matèria de produccions i mercats agrícoles, ramaders, concentració de l'oferta, sanitat animal i vegetal, així com la planificació, adreça i coordinació de les polítiques actives del Departament en matèria d'indústries i mercats alimentaris, assegurant especialment la seguretat alimentària i el benestar animal.
2. La determinació dels criteris que permetin establir la posició espanyola davant la Unió Europea i en els acords d'aquesta amb tercers països, així com en altres organitzacions i fòrums internacionals, que tinguin contingut agrari i alimentari, i actuar com a interlocutor davant aquestes instàncies internacionals, sense perjudici de les competències d'altres òrgans del Ministeri i altres departaments ministerials.
3. La coordinació, cooperació i col·laboració amb les comunitats autònomes i les entitats més representatives en les matèries abans assenyalades, així com elaborar les propostes que permetin establir la posició espanyola sobre aquests assumptes davant la Unió Europea i altres organitzacions o fòrums internacionals.
4. L'exercici de les funcions d'autoritat nacional de gestió del Pla Estratègic de la PAC, d'acord amb l'establert en l'article 123 del Reglament 2021/2115, pel qual s'estableixen normes en relació amb l'ajuda als plans estratègics que han d'elaborar els Estats membres en el marc de la PAC.

La Secretaria General de Pesca és, sota la dependència del Ministro o Ministra, l'òrgan directiu del Ministeri d'Agricultura, Pesca i Alimentació directament responsable de la Política Pesquera Comuna, així com de les competències pròpies del Departament sobre planificació i execució de la política en matèria de pesca marítima en aigües exteriors i aqüicultura, d'ordenació bàsica del sector pesquer, de control i inspecció i la lluita contra la pesca il·legal, la gestió i la coordinació dels fons comunitaris destinats a la pesca i l'aqüicultura, la planificació de l'activitat econòmica i orientació de mercat en matèria de comercialització i transformació dels productes pesquers i acuícolas, i la participació a la planificació i execució de la política de recerca en matèria de pesca i aqüicultura.

Correspon a la Secretaria General de Pesca:

1. L'exercici de les funcions atribuïdes al Ministeri en matèria de pesca ordenació del sector, aqüicultura i comercialització pesquera, així com la planificació, adreça i coordinació de les polítiques actives del Departament en aquesta matèria.
2. La determinació dels criteris que permetin establir la posició espanyola davant la Unió Europea en matèria de pesca i aqüicultura.
3. Les funcions derivades dels acords pesquers de la Unió Europea amb tercers països.
4. Les funcions derivades de la participació del Regne d'Espanya, per si o en el si de la delegació de la Unió Europea, en organitzacions internacionals de pesca i la cooperació internacional en assumptes pesquers i acuícolas en coordinació amb el Ministeri d'Afers exteriors, Unió Europea i Cooperació.
5. Les relacions institucionals amb les organitzacions professionals i altres entitats representatives dels sectors pesquers i acuícola, sense perjudici de les competències de la Sotssecretaria del Departament.
6. La coordinació, cooperació i col·laboració amb les comunitats autònomes i les entitats més representatives en les matèries abans assenyalades.
7. La planificació, disseny i impuls de les estratègies i polítiques de pesca i aqüicultura del Departament.
8. La planificació, disseny i impuls de la política de recerca pesquera, desenvolupament i innovació en matèria de pesca i aqüicultura del Departament, en coordinació quan escaigui, amb el Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats.

Correspon al Sotssecretari d'Agricultura, Pesca i Alimentació exercir les funcions enumerades en l'article 63 de la Llei 40/2015, d'1 d'octubre, de Règim Jurídic del Sector Públic, i l'adreça, impuls i supervisió dels organismes públics que li estiguin adscrits.

A més de les enunciades a l'apartat anterior, i excepte els casos reservats a la decisió del Ministro o Ministra, s'atribueixen a la Sotssecretaria les següents funcions corresponents a les diferents àrees de serveis comuns:

1. Assistir al Ministro o Ministra en les funcions de control de l'activitat del Departament, realitzant aquelles que permetin avaluar el funcionament, l'eficàcia i el rendiment del personal i dels serveis del Ministeri, així com el seguiment de la contractació d'obra pública de competència del Departament en els seus aspectes tècnic, funcional i administratiu.
2. La coordinació dels projectes i actuacions del Ministeri en què concorrin competències de la Secretaria d'Estat d'Agricultura i Alimentació i de les Secretaries Generals.
3. Coordinar les relacions institucionals amb les organitzacions professionals i altres entitats representatives d'interès en els sectors agrari, alimentari i pesquer.
4. La resolució dels procediments de reconeixement de títols professionals expedits pels Estats membres de la Unió Europea i altres Estats signataris de l'Acord sobre l'Espai Econòmic Europeu en el que afecta a les professions que es relacionen amb el Departament, d'acord amb la normativa específica en la matèria.
5. L'elaboració d'informes d'anàlisis i seguiment d'aquelles mesures fiscals amb repercussió en els àmbits competencials del Departament, i l'elaboració de la proposta anual de redacció dels índexs de rendiment net de les activitats agràries en el mètode d'estimació objectiva de l'Impost sobre la Renda de les Persones Físiques, per a la seva remissió al Ministeri d'Hisenda.
6. L'adreça de la Comissió Permanent d'Adversitats Climàtiques i Mediambientals (COPAC), d'acord amb l'establert en l'Ordre AAA/2272/2013, de 27 de novembre, per la qual es crea la Comissió permanent per a situacions d'adversitat climàtica o mediambiental; així com la interlocució amb altres Ministerios i especialment la Direcció general de Protecció Civil i Emergències del Ministeri de l'Interior i el Ministeri per a la Transició Ecològica i el Repte Demogràfic, davant adversitats climàtiques o d'una altra índole que puguin afectar al sector agroalimentari i pesquer.
7. El seguiment, anàlisi i prospectiva dels aspectes socials, econòmics i ambientals vinculats amb les diferents àrees estratègiques del Departament, incloent la creació i difusió d'informació relacionada amb aquestes, així com l'elaboració de l'Informe Anual d'Indicadors d'Agricultura, Pesca i Alimentació.
8. La coordinació de les àrees i dependències funcionals del Departament integrades en la Delegacions de Govern, sense perjudici de la dependència funcional prevista respectivament en els articles 4.7 i 8.5 d'aquest reial decret.
9. La realització i coordinació, si escau, de les operacions estadístiques dels plans sectorials i assignades al Departament en el Pla Estadístic Nacional i la interlocució amb l'Institut Nacional d'Estadística i amb la Comissió Europea sobre aspectes referents a aquestes operacions, així com la Presidència del Comitè Nacional de la Xarxa Comptable Agrària Nacional. La coordinació de les fonts estadístiques competència del Departament i aquelles operacions estadístiques que no estiguin assignades a la Sotssecretaria d'Agricultura, Pesca i Alimentació.
10. La coordinació en matèria d'ajudes d'Estat en els àmbits d'activitat del Departament i la interlocució amb el Ministeri d'Afers exteriors, Unió Europea i Cooperació.
11. La coordinació, seguiment i informe dels assumptes que se sotmetin a la Comissió Delegada del Govern per a Assumptes Econòmics.
12. La coordinació i l'anàlisi per a la implantació de mesures en els sectors agroalimentaris i pesquers que impliquin la necessitat d'establir actuacions de caràcter financer, laboral o fiscal.
13. El control dels procediments relacionats amb l'aplicació de la normativa de la Unió Europea, així com el seguiment de la seva transposició al dret intern, en col·laboració amb les unitats responsables de l'elaboració normativa i competents per raó de la matèria.
14. L'assistència als restants òrgans del Ministeri en matèria de relacions internacionals i acció exterior; la coordinació, participació i seguiment, segons els casos, de la presència i iniciatives del Departament i els seus organismes autònoms en els organismes i convenis internacionals en les matèries de competència del Ministeri, així com de cooperació al desenvolupament; la representació del Departament en les comissions o òrgans de caràcter interministerial en matèria de relacions internacionals, quan tal representació no hagi estat atribuïda a un altre òrgan del Departament; i la coordinació de les actuacions dels òrgans del Ministeri en l'exterior.
15. El seguiment dels acords subscrits per la Unió Europea amb tercers països o organitzacions internacionals que incloguin matèries agroalimentàries i pesqueres, en col·laboració amb les unitats competents del Ministeri i amb altres departaments ministerials.